根据集团管控要求和水投公司职能作用发挥需要，按照精干高效的原则，公司共设置14个部门，具体的部门设置及工作职责如下：

1.党委工作部

主要职能：负责党建、干部管理、宣传、团建、扶贫、保密、企业文化建设等工作。

2.董事会办公室

主要职能：负责董事会日常办公事务、董事会会议筹备、公司章程管理、现代企业制度及治理体系研究等工作;战略规划、改革改制、整合重组等工作。 

3.综合办公室

主要职能：负责公司行政日常办公事务、收(发)文管理、证照印章管理、档案管理、行政会议会务、监事会日常事务管理等工作;对外联络、公务接待、后勤管理、车辆管理等工作;信访、维稳、治安、保卫及办公区、生活区消防管理等工作。 

4.计划发展部

主要职责：服务对接水利厅、发改委、各州市政府等单位，积极争取水利投资项目，负责投资计划编制和落实、投资策划、协调项目投资评审、项目投标管理、合同谈判等工作。

5.财务部

主要职责：负责会计核算及财务管理、税务管理、债权债务管理、全面预算管理、资产评估及产权登记管理等工作。负责水利资产确权、资产管理、项目运营管理、水价改革、水费收取、供排水业务管理、物资设备采购管理等工作。

6.建设管理部

主要职责：负责公司建设项目生产管理、进度管理、质量管理、技术管理、技术创新、项目设计管理等工作。负责公司内控体系建设、资产经营责任制考核管理、综合计划统计管理、招标管理、合同管理、成本及结算管理、资质管理、信息化建设和管理等工作。

7.纪检监察部

主要职能：负责纪检、行政监察、党委巡察、效能监察和督导督察、监察党风廉政建设责任制落实情况等工作。

8.人力资源部

主要职责：负责人力资源管理及其信息化工作，负责薪酬、绩效考核、劳动关系、教育培训、职称评审、社会保险、招聘、调配、退休人员管理等工作。

9.金融及资本运营部

主要职责：负责融资及授信工作、资产证券化等有关资本运作工作。

10.风险控制部

主要职责：负责完善公司风险管控体系;负责投融资、财务、经营风险评估工作，对重大经济事项或合同出具风控意见等工作。

11.安全环保部

主要职责：负责公司生产安全、防汛度汛、生产作业区消防、环境保护、职业健康监督等工作。

12.审计部

主要职责：负责公司内部审计、审计监督及评价、内控管理体系评价、项目审计、投资项目后评价;所属单位内审业务监督、指导、审计整改落实等工作。

13.法律事务部

主要职责：负责公司法律纠纷管理和有关法律咨询工作，指导和监督所属公司重大法律纠纷办理和备案管理;对公司重大经营决策、重要规章制度、各类合同、重大投融资、公司章程、股权转让、对外担保、改制、重组、清算等重要事项进行法律审核;落实公司法律风险防控措施;负责公司法治宣传教育工作。

14.工会办公室

主要职责：负责工会组织建设、民主管理、维权帮扶、女工管理、文体活动等。