中共云南省水利水电投资有限公司委员会成立于2009年10月。

公司党委下设1个二级党总支（中共云南水投牛栏江滇池补水工程有限公司总支委员会）、7个二级党支部（中共云南省水利水电投资有限公司机关支部委员会、中共云南水投水务产业有限公司支部委员会、中共云南水投牛栏江红石岩堰塞湖工程建设有限公司支部委员会、中共云南省地方电力实业开发公司支部委员会、中共云南水投工程管理咨询有限公司支部委员会、中共云南众成爨玉实业有限公司党支部、中共云南水投融生投资开发有限公司支部）、3个三级党支部（中共云南水投牛栏江滇池补水工程有限公司机关支部委员会、中共云南水投牛栏江滇池补水工程有限公司泵站支部委员会、中共云南水投牛栏江滇池补水工程有限公司枢纽支部委员会）。

截至2021年1月，公司有组织关系在册党员242人（含预备党员16人）。